Tổng Quan Các Sắc Thuế Doanh Nghiệp Cần Biết

Trong quá trình hoạt động, mọi doanh nghiệp đều phải thực hiện nghĩa vụ thuế theo quy định pháp luật. Việc hiểu rõ các sắc thuế giúp doanh nghiệp chủ động quản lý chi phí, tuân thủ đúng quy định và tối ưu hiệu quả tài chính. Bài viết “Tổng Quan Các Sắc Thuế Doanh Nghiệp Cần Biết” được chia sẻ từ đội ngũ chuyên gia của NGUYÊN LÝ KẾ TOÁN sẽ giúp bạn nắm rõ từng loại thuế mà doanh nghiệp phải thực hiện – từ thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp cho đến các loại thuế khác có liên quan, cùng những lưu ý quan trọng trong kê khai và nộp thuế thực tế.

I. Tổng quan hệ thống các sắc thuế áp dụng cho doanh nghiệp tại Việt Nam

1. Phân loại theo tính chất thuế

– Thuế trực thu (đánh thẳng vào thu nhập/tài sản của người nộp thuế)

Ví dụ: Thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN), Thuế Thu nhập cá nhân (TNCN) (doanh nghiệp khấu trừ, kê khai, nộp thay). Đặc trưng là người nộp thuế khó chuyển gánh nặng sang chủ thể khác; số thuế gắn trực tiếp với kết quả SXKD hoặc thu nhập. Loại thuế này quyết định chỉ tiêu chi phí thuế TNDN hiện hành/hoãn lại, lợi nhuận sau thuế, EPS; liên quan ước tính, dự phòng và ghi nhận thuế hoãn lại.

– Thuế gián thu (thu vào hàng hóa/dịch vụ trong quá trình tiêu dùng)

Ví dụ: Thuế Giá trị gia tăng (GTGT), Thuế Tiêu thụ đặc biệt, Thuế Bảo vệ môi trường, Thuế XK/NK.

Thuế gián thu có thể chuyển gánh nặng thuế sang người mua thông qua giá bán; doanh nghiệp đóng vai trò thu – nộp thay cho Nhà nước.

Loại thuế này chi phối giá bán chưa thuế/đã thuế, GTGT đầu vào được khấu trừ vs. không được khấu trừ, thời điểm ghi nhận thuế phải nộp ở khâu nhập khẩu, v.v.

2. Khung pháp lý điều chỉnh (cập nhật 2025)

Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14: quy định nguyên tắc, thủ tục đăng ký, kê khai, nộp, hoàn, miễn/giảm, quản lý rủi ro, thanh tra, xử phạt…; có hiệu lực từ 01/7/2019 (một số điều từ 01/7/2020). Đây là “luật khung” áp trên tất cả sắc thuế.

Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15: ban hành 26/11/2024, có hiệu lực 01/7/2025 — quy định đối tượng chịu/không chịu thuế, khấu trừ, hoàn thuế, phương pháp tính (khấu trừ/trực tiếp), hóa đơn chứng từ liên quan.

Luật Thuế Thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15: ban hành 14/6/2025, có hiệu lực 01/10/2025 — quy định người nộp thuế, thu nhập chịu/được miễn thuế, căn cứ và phương pháp tính, ưu đãi; là văn bản nền tảng cho xác định chi phí thuế TNDN hiện hành/hoãn lại.

Lưu ý: ngoài ba luật trục chính nêu trên, từng sắc thuế/loại phí – lệ phí còn được dẫn chiếu bởi luật/chương luật chuyên ngành, nghị định và thông tư hướng dẫn. Doanh nghiệp cần đối chiếu văn bản đang còn hiệu lực tại thời điểm áp dụng.

3. Mối quan hệ giữa các sắc thuế và hệ thống báo cáo kế toán – tài chính

a) Báo cáo Kết quả kinh doanh (P/L)

Thuế TNDN hiện hành: ghi nhận vào chi phí thuế TNDN của kỳ, làm giảm lợi nhuận sau thuế.

Thuế gián thu (GTGT, TTĐB, BVMT…): không là doanh thu/chi phí nếu doanh nghiệp khấu trừ được; nếu không khấu trừ được (ví dụ GTGT đầu vào cho hàng hóa/dịch vụ không phục vụ SXKD, hoặc thuộc đối tượng không chịu thuế), sẽ tính vào chi phí hoặc nguyên giá tài sản theo chuẩn mực/chế độ kế toán.

b) Bảng Cân đối kế toán (B/S)

– Thuế GTGT: trình bày ở Tài sản ngắn hạn khác (GTGT được khấu trừ) hoặc Phải nộp Nhà nước (GTGT phải nộp).

– Thuế TNDN hoãn lại: ghi nhận Tài sản/Chi phí thuế TNDN hoãn lại và Thuế TNDN hoãn lại phải trả khi có chênh lệch tạm thời chịu/được khấu trừ (theo nguyên tắc thuế hoãn lại).

– Thuế XK/NK: thường phát sinh ngay tại thời điểm thông quan; được ghi nhận vào giá vốn hàng nhập (nếu cấu thành nguyên giá) hoặc thuế phải nộp ngắn hạn.

c) Báo cáo Lưu chuyển tiền tệ (CF)

Các khoản nộp thuế (TNDN, TNCN khấu trừ, GTGT, XK/NK…) phản ánh chủ yếu trong dòng tiền từ hoạt động kinh doanh; thời điểm nộp và hoàn thuế ảnh hưởng đáng kể đến dòng tiền ròng từng kỳ.

d) Quản trị thuế & kiểm soát tuân thủ

Luật Quản lý thuế yêu cầu doanh nghiệp đăng ký, kê khai, nộp và lưu trữ chứng từ đúng hạn; cơ chế hoàn thuế, miễn/giảm, khoanh, xóa nợ và quản lý rủi ro thuế đều dựa trên dữ liệu kế toán – hóa đơn điện tử. Việc đồng bộ quy trình kế toán – thuế – kho/bán hàng – hải quan là điều kiện tiên quyết để giảm rủi ro thanh/kiểm tra.

II. Chi tiết các sắc thuế doanh nghiệp cần biết và nghĩa vụ tương ứng

1. Thuế giá trị gia tăng (GTGT)

– Cơ sở pháp lý: Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, hiệu lực từ 01/7/2025.

– Đối tượng chịu thuế: hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong hoạt động sản xuất – kinh doanh tại Việt Nam, trừ một số trường hợp được miễn như giáo dục, y tế, tín dụng…

– Đối tượng không chịu thuế: hàng hóa xuất khẩu ra nước ngoài; sản phẩm nông nghiệp chưa qua chế biến; dịch vụ công ích theo quy định.

– Cách tính thuế:

• Phương pháp khấu trừ: Thuế GTGT phải nộp = GTGT đầu ra – GTGT đầu vào được khấu trừ. Áp dụng với DN có doanh thu từ 3 tỷ đồng/năm hoặc đăng ký tự nguyện.
• Phương pháp trực tiếp: Thuế GTGT phải nộp = Doanh thu x Tỷ lệ % GTGT trực tiếp (áp dụng với hộ, cá nhân kinh doanh, DN nhỏ).
• Kê khai – nộp – hoàn thuế: thực hiện theo tháng hoặc quý; hồ sơ hoàn thuế áp dụng khi có số thuế GTGT đầu vào lớn hơn đầu ra từ hoạt  động xuất khẩu, đầu tư mới…

Lưu ý: sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế, có đầy đủ thông tin người mua, người bán, mã số thuế, hàng hóa, thuế suất… để đảm bảo hợp lệ khi khấu trừ.

2. Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)

– Nguyên tắc: tính trên thu nhập chịu thuế = doanh thu tính thuế – chi phí được trừ + thu nhập khác – lỗ được kết chuyển.

– Chi phí được trừ: phải là chi phí thực tế, có chứng từ hợp lệ, phục vụ SXKD, thanh toán không dùng tiền mặt (với khoản >20 triệu).

– Ưu đãi, miễn giảm: áp dụng theo lĩnh vực (giáo dục, khoa học, môi trường…), địa bàn (khu công nghiệp, vùng khó khăn) hoặc doanh nghiệp nhỏ và vừa.

– Thời điểm ghi nhận: doanh thu được tính khi giao hàng, hoàn thành dịch vụ; chi phí ghi nhận khi phát sinh nghĩa vụ thanh toán.

– Tạm nộp & quyết toán: doanh nghiệp tạm nộp theo quý, sau đó quyết toán vào cuối năm tài chính. Nếu số tạm nộp <80% số phải nộp, DN có thể bị phạt chậm nộp.

3. Lệ phí môn bài

– Mức thu:

• DN có vốn điều lệ trên 10 tỷ đồng: 3.000.000đ/năm.
• DN có vốn điều lệ ≤10 tỷ đồng: 2.000.000đ/năm.
• Chi nhánh, VP đại diện, địa điểm kinh doanh: 1.000.000đ/năm.

– Thời hạn kê khai: Nộp tờ khai lần đầu trong 30 ngày kể từ ngày được cấp GCN đăng ký DN. Từ năm sau, chỉ nộp tiền (không cần nộp lại tờ khai).

– Miễn lệ phí: DN thành lập 6 tháng cuối năm chỉ nộp 50%, hoặc DN mới thành lập được miễn năm đầu tiên.

4. Thuế thu nhập cá nhân (TNCN)

– Trách nhiệm doanh nghiệp: khấu trừ thuế tại nguồn, kê khai và nộp thay người lao động.

– Thu nhập chịu thuế: tiền lương, thưởng, phụ cấp, lợi ích bằng tiền hoặc hiện vật.

– Thu nhập không chịu thuế: tiền ăn giữa ca ≤730.000đ/tháng, phụ cấp công tác phí, tiền hỗ trợ hiếu hỉ, thai sản, v.v.

– Quyết toán thuế: thực hiện vào đầu năm sau (trước 31/3).

– Cá nhân có thu nhập tại một nơi có thể ủy quyền cho DN quyết toán thay.

– Cá nhân có thu nhập tại nhiều nơi phải tự quyết toán.

>>> Xem thêm: Cách Tính Thuế Thu Nhập Cá Nhân (TNCN) Nhanh Và Chính Xác

5. Thuế xuất khẩu, nhập khẩu

– Đối tượng chịu thuế: hàng hóa xuất – nhập khẩu qua biên giới Việt Nam, bao gồm tạm nhập tái xuất, tạm xuất tái nhập.

– Phân loại hàng hóa: theo mã HS (Harmonized System) 8 – 10 số.

– Cách tính thuế:

Thuế nhập khẩu = Trị giá tính thuế x Thuế suất NK.

Thuế GTGT khâu nhập = (Giá tính thuế NK + Thuế NK + Thuế TTĐB, nếu có) x Thuế suất GTGT.

– Thời điểm nộp thuế: khi thông quan hàng hóa hoặc trước khi nhận hàng (tùy loại hình).

6. Các loại thuế và phí khác doanh nghiệp có thể gặp

– Thuế tài nguyên: áp dụng với DN khai thác khoáng sản, dầu khí, nước thiên nhiên…

– Thuế tiêu thụ đặc biệt (TTĐB): với hàng hóa, dịch vụ “xa xỉ” như thuốc lá, rượu bia, ô tô, xăng dầu, trò chơi điện tử có thưởng.

– Thuế bảo vệ môi trường: áp dụng với xăng dầu, túi nilon, than đá…

– Phí và lệ phí hành chính: như lệ phí đăng ký doanh nghiệp, phí thẩm định hồ sơ môi trường, phí công bố sản phẩm.

III. Các sai sót thường gặp trong quản lý và kê khai thuế doanh nghiệp

Trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế, nhiều doanh nghiệp — đặc biệt là doanh nghiệp vừa và nhỏ — thường gặp những lỗi phổ biến khiến bị truy thu, xử phạt chậm nộp hoặc bị loại chi phí khi quyết toán. Dưới đây là những sai sót thường thấy và hướng khắc phục:

– Kê khai sai kỳ tính thuế, nhầm chỉ tiêu báo cáo

Sai sót phổ biến là doanh nghiệp ghi nhận doanh thu hoặc chi phí sai kỳ, dẫn đến chênh lệch giữa sổ kế toán và tờ khai thuế. Hậu quả là ảnh hưởng đến thu nhập chịu thuế TNDN, GTGT đầu ra và số liệu quyết toán cuối năm.

Khắc phục: đối chiếu báo cáo thuế – sổ kế toán – hóa đơn định kỳ hàng tháng; áp dụng phần mềm kế toán có liên kết dữ liệu hóa đơn điện tử để giảm sai lệch.

– Thiếu chứng từ hợp lệ khi ghi nhận chi phí

Sai sót phổ biến là sử dụng hóa đơn viết tay, hóa đơn không có mã số thuế, không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (với khoản chi > 20 triệu đồng). Hậu quả là chi phí đó sẽ không được trừ khi tính thuế TNDN, làm tăng số thuế phải nộp.

Khắc phục: kiểm tra tính hợp lệ – hợp pháp – hợp lý của chứng từ trước khi hạch toán; lưu trữ hồ sơ đúng thời hạn tối thiểu 10 năm theo quy định của Luật Kế toán.

– Không cập nhật chính sách thuế mới

Sai sót phổ biến là áp dụng mức thuế suất, tỷ lệ khấu trừ hoặc biểu thuế đã hết hiệu lực. Hậu quả là bị truy thu, phạt chậm nộp, thậm chí bị đánh giá rủi ro cao khi cơ quan thuế kiểm tra.

Ví dụ: tiếp tục áp dụng thuế suất GTGT 8% sau khi ưu đãi kết thúc; không điều chỉnh mức giảm trừ gia cảnh mới khi tính TNCN.

Khắc phục: thường xuyên cập nhật các văn bản mới (Luật, Nghị định, Thông tư) từ Tổng cục Thuế, Bộ Tài chính hoặc các nguồn đáng tin cậy như Nguyên lý kế toán.net, Kế toán Lê Ánh, misa.vn.

– Sử dụng hóa đơn không hợp lệ hoặc sai định dạng

Sai sót phổ biến:

• Phát hành hóa đơn sai mã, sai thông tin người mua – người bán.
• Hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế.
• Lập hóa đơn trước thời điểm giao hàng, sai thuế suất GTGT.

Hậu quả là hóa đơn bị cơ quan thuế từ chối, GTGT đầu vào không được khấu trừ, doanh nghiệp có thể bị phạt hành chính hoặc truy thu thuế.

Khắc phục: sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử được Tổng cục Thuế chấp thuận, kiểm tra kỹ thông tin trước khi phát hành, đối chiếu định kỳ dữ liệu hóa đơn với báo cáo thuế GTGT.

IV. Kinh nghiệm quản trị thuế hiệu quả cho doanh nghiệp

Quản trị thuế không chỉ là việc kê khai và nộp đúng hạn, mà còn là một phần quan trọng trong chiến lược tài chính doanh nghiệp. Dưới đây là những kinh nghiệm thực tế giúp doanh nghiệp kiểm soát tốt nghĩa vụ thuế, giảm rủi ro và tối ưu chi phí hợp pháp.

– Thiết lập hệ thống kế toán – thuế đồng bộ, đảm bảo dữ liệu chính xác

Doanh nghiệp cần xây dựng quy trình kế toán – thuế thống nhất, từ khâu lập chứng từ, ghi nhận doanh thu – chi phí đến khâu lập tờ khai.

Dữ liệu kế toán phải khớp với dữ liệu khai thuế (GTGT, TNDN, TNCN…), tránh sai lệch giữa sổ kế toán và báo cáo thuế.

Thiết lập bộ kiểm soát nội bộ (Internal Control) để kiểm tra chéo trước khi nộp báo cáo. Điều này giúp phát hiện sớm sai sót và hạn chế rủi ro bị truy thu hoặc phạt chậm nộp.

– Ứng dụng phần mềm kế toán – hóa đơn điện tử để tự động hóa quy trình

Việc ứng dụng phần mềm kế toán tích hợp hóa đơn điện tử giúp doanh nghiệp giảm thiểu lỗi nhập liệu, tiết kiệm thời gian và tăng tính minh bạch.

Nên lựa chọn phần mềm có khả năng:

• Tự động đối chiếu số liệu hóa đơn – tờ khai thuế.
• Cập nhật biểu thuế suất, định dạng hóa đơn mới theo quy định của Tổng cục Thuế.
• Xuất báo cáo phục vụ kiểm tra nhanh khi cơ quan thuế yêu cầu.

Với các doanh nghiệp có nhiều chi nhánh, nên triển khai hệ thống kế toán tập trung (cloud-based) để đồng bộ dữ liệu theo thời gian thực.

– Lên kế hoạch thuế hằng quý/năm để dự báo chi phí và dòng tiền

Kế hoạch thuế giúp doanh nghiệp chủ động về tài chính, tránh tình trạng dồn thuế vào cuối năm gây áp lực dòng tiền.

Cần xác định rõ:

• Dự kiến doanh thu, chi phí, lợi nhuận và số thuế phải nộp từng quý.
• Ưu đãi thuế được hưởng theo ngành nghề, địa bàn.
• Dự phòng chi phí thuế trong báo cáo quản trị để không ảnh hưởng dòng tiền kinh doanh.

Với doanh nghiệp có hoạt động xuất nhập khẩu hoặc đầu tư lớn, nên lập báo cáo thuế tạm tính để đánh giá kịp thời nghĩa vụ và tránh sai lệch lớn khi quyết toán.

– Thường xuyên đào tạo, cập nhật kiến thức thuế cho kế toán và chủ doanh nghiệp

Hệ thống thuế thay đổi liên tục, do đó kế toán và người quản lý cần được đào tạo định kỳ, nắm vững quy định mới về:

• Hóa đơn điện tử, chứng từ hợp lệ.
• Quy trình kê khai, hoàn thuế.
• Các ưu đãi thuế mới theo lĩnh vực, quy mô.

Qua bài viết trên của nguyenlyketoan.net, bạn đã có cái nhìn toàn diện hơn về các sắc thuế mà doanh nghiệp phải tuân thủ tại Việt Nam. Việc hiểu rõ từng sắc thuế không chỉ giúp doanh nghiệp kê khai – nộp thuế đúng quy định mà còn hỗ trợ lập kế hoạch tài chính hiệu quả, hạn chế rủi ro vi phạm hành chính. Đừng quên thường xuyên cập nhật các chính sách thuế mới nhất để đảm bảo hoạt động kế toán – tài chính luôn minh bạch và tuân thủ đúng pháp luật.

>>> Tham khảo: Học Kế Toán Thuế Ở Đâu Tốt? Lời Khuyên Từ Chuyên Gia